Żona malarza w średnim wieku porzuca go – z dnia na dzień. Podobnie, z dnia na dzień, on sam podejmuje decyzję, by wyprowadzić się z domu. Rezygnuje ze zleceń, wsiada w samochód i przez parę miesięcy włóczy się po północno-wschodniej części wyspy Honsiu. Gdy zmęczony tułaczką wraca do Tokio i prosi przyjaciela o nocleg, ten ma mu do zaoferowania coś znacznie lepszego: opuszczony dom w górach należący do jego ojca, sławnego malarza. W nowym, inspirującym otoczeniu bohater zamierza wieść spokojne życie poświęcone twórczości – korzysta z pracowni mistrza, zaczyna prowadzić lekcje malarstwa w pobliskiej Odawarze i wdaje się w niewiele znaczące romanse. Dom ten dla bohatera powieści stanie się epicentrum przemiany i szczególnej formy odrodzenia – i w sztuce, i w życiu. Pierwszym epizodem tej przemiany będzie odnalezienie na strychu nieznanego obrazu starego mistrza: niemal wiernego odtworzenia sceny zabójstwa Komandora z „Don Giovanniego”.

Próby odkrycia tajemnic starego domostwa i niezwykłego obrazu odmieniają życie malarza. Niespodziewane zlecenie od mieszkającego w sąsiedztwie ekscentrycznego milionera wciąga go w wir wydarzeń ujawniających sekretne relacje między osobami i zdarzeniami. Dotychczasowi bohaterowie książek Murakamiego zawsze byli na różne sposoby samotni. W „Śmierci Komandora” czytelnika może zaskoczyć nowy wątek - nikt na dłużą metę nie może żyć bez rodziny. Bohaterowie pożądają bliskości, tracą kogoś ważnego, rozpaczliwie i niezdarnie próbują zbliżyć się do drugiego człowieka.

„(…) w tej sennej narracji Murakamiemu udało się umieścić mnóstwo oryginalnych, bezpretensjonalnych refleksji o sztuce, podświadomości jednostek i narodów, potrzebie odrodzenia się i budowania czegoś od nowa. Ostatecznie wychodzi na to, że „Śmierć Komandora” nie traktuje ani o seksie, ani o historycznych tabu, lecz o dojmującej stracie i wielkiej, nadrzędnej, przekraczającej wszystkie bariery potrzebie ludzkiej bliskości”. - Piotr Kofta, Uroda Życia

„Śmierć Komandora” jest świetną książką do rozpoczęcia czytelniczej przygody z twórczością japońskiego autora. Narracja powieści jest prowadzona w pierwszej osobie, znanej fanom Murakamiego z początkowej fazy jego aktywności twórczej. Charakterystyczne dla jego dorobku odniesienia do muzyki nabierają tu kluczowego znaczenia – znany jako miłośnik jazzu, Murakami robi ukłon w stronę muzyki klasycznej, czyniąc ze sceny z „Don Giovanniego” kluczową metaforę swojej książki. Dwutomowa powieść to dzieło dojrzałego już pisarza, który porusza w swoich powieściach również tematy społeczne i polityczne.